缺乏光照
水培蔬菜需要充足的光照来进行光合作用，这是植物生长和发育不可或缺的一部分。然而，在家里，特别是在没有专门的绿化空间的情况下，提供给植物足够的自然日照往往是不切实际的。此外，即使有窗户，也无法保证阳光能够直接照射到植物上，因为阴影、遮挡物等因素会影响到植物接受到的光线强度。
水分管理困难
在室内环境中控制水分是一大挑战，尤其是对于初学者来说。过多或过少的水分都会对蔬菜产生严重影响。例如，如果土壤含水量不足，植株可能会因为脱水而枯萎；反之，如果土壤湿度过高，则容易导致根部腐烂甚至是病菌滋生的机会增加。在家里，要确保每天都能适时地补充和排除空气中的蒸腾散失，是一个不容忽视的问题。
温度调节问题
不同类型的蔬菜对温度有着不同的要求，一些喜凉性的种类如菠菜、西兰花等，对温暖潮湿环境非常敏感，而一些热带作物则需要较高温度才能正常生长。在室内由于空调和暖气系统，以及季节变化造成的大幅温差，都可能导致蔬菜无法得到最佳生长条件。
空气质量问题
室内空气质量通常低于室外，而且易受污染，如烟雾、油烟、化学品释放等，这些都可能对新鲜出笼的小苗造成伤害。而且，当我们使用化肥和农药来提高产量时，这些残留物质也会通过食用这些蔬菜进入人体，不利于健康。
蔬菜品质差异
商业生产设施具有专业的人力资源、高效率设备以及精心设计的地理环境，使得他们可以更好地控制种植条件，从而获得更高品质的产品。而家庭环境普遍存在着种植技术水平有限、管理经验不足以及营养补给不均匀等问题，因此所培育出的果实通常不能达到市场上的标准。
耗费时间与成本高昂
尽管自己动手能增添一份乐趣，但从事园艺活动毕竟不是所有人的兴趣所在，更何况它还伴随着大量时间投入及相应开支。一旦开始了这项工作，就必须准备承担起维护花盆清洁、购买必要工具与肥料以及处理各种突发情况（如虫害）等诸多责任。如果考虑到其他生活需求，比如工作与学习，那么将很难找到合理安排时间以支持这种爱好。
